63岁的一位浙江大伯，
退休前从事皮草加工相关工作，
被不明原因的咯血折磨多年，
这几年他辗转各大医院求医，
症状不仅未能缓解，
反倒愈发严重……
最终，在浙江大学医学院附属第一医院呼吸与重症医学科周华主任与迪安诊断参股公司迪谱诊断的通力合作下，谜题被解开。
原来，大伯感染了一种没有中文名称的罕见真菌——arthroderma。它属于皮肤癣菌中最多样化的属，最早于1963年被发现，并从兔洞或兔毛的土壤中分离出来。
近日，迪谱诊断与浙江大学医学院附属第一医院呼吸与重症医学科周华主任合作，将纳米孔测序技术应用于罕见真菌的全基因测序与进化分析研究成果, 在线发表于international journal of infectious diseases《国际传染病学》杂志(if：12.074)。这是第一例由arthroderma multifidum（简称a. multifidum）引起的慢性肺部真菌感染人类的病例。
治不好的结核病？
其实是真菌感染
这位大伯从2015年起，就被咯血缠上了。他还没来得及好好享受退休生活，就开始了与病魔漫长的拉扯。他以为是自己年轻时得过肺结核落下的病根，始终无法根治。
到了2019年，他咳血的症状越来越严重，辗转多家医院后向浙江大学医学院附属第一医院呼吸与重症医学科周华主任求助。
胸部ct显示左肺上叶有慢性感染和受损病灶
“肺部ct看起来不像是肺结核。我们反复留了很多次痰涂片都没有找到结核杆菌，如果是结核分枝杆菌或肺曲霉菌，不该如此反反复复、控制不住！”周华主任表示。根据丰富的临床经验，他抽取了支气管肺泡灌洗液(balf）送往临床微生物室培养。
经过培养发现，真凶出现了——是一种前所未见的丝状霉菌！
菌株在35℃的马铃薯葡萄糖琼脂培养基上(pda)颜色最初为白色，一周后逐渐变为黄色。菌落呈粉状或颗粒状 ，扁平或放射状凹槽(见上图a)。分生孢子呈梨形，近球形或椭圆形，偶见1~2个隔膜。分生孢子大小约为3μm。
乳酸酚棉蓝染色后，可见圆形或梨形分生孢子与透明隔菌丝成直角附着(见上图b)。
全基因组测序破解谜题
迪谱诊断纳米孔单分子测序平台对该真菌进行了全基因组测序，序列经真菌数据库比对，证实该菌株为a. multifidum。该菌株被命名为浙江2016 a. multifidum。
arthroderma是皮肤癣菌中最多样化的属，最早于1963年被发现，并从兔洞或兔毛的土壤中分离出来。
基于纳米孔单分子测序平台对浙江2016 a. multifidum的全基因序列进行测定分析。结果显示，a. multifidum全基因组大小为23.22mb(n50=2.50mb)，由23个contigs组成(见下表)。全基因组中gc含量占比50.18%。blast比对分析显示，此序列与ncbi发表的a. multifidum的18s、its1、5.8s、its2和28s基因的匹配度达到99.82%。
a. multifidum系统进化树
此外，本研究还进行了基因预测、初步功能注释和系统发育分析。结果显示，本研究已成功对6653个基因进行预测，对cog数据库中匹配的5287个基因进行功能分类，分属于25个类别。采用go注释法对浙江2016 a. multifidum的预测基因进行同源序列分析。根据同源性程度，3314个基因被分为3个模块(生物过程、细胞成分和分子功能)。而与kegg数据库的序列比对则显示了402条通路，涉及3732个基因，并对浙江2016 a. multifidum 株可能发生的潜在生物学途径进行概述。
经过治疗，大伯的症状明显缓解，并在之后为期2年零9个月的随访中没有复发。
纳米孔单分子测序
为临床精准诊疗提供巨大价值
本研究成功发现第一例由a. multifidum引起的人类肺部慢性感染病例，表明该真菌可引起人畜共患感染，且首次基于纳米孔单分子测序平台完成了该真菌的全基因组测序和系统进化分析。研究也充分证实，纳米孔测序技术因其长读长、pcr free的技术优势在未知/罕见真菌的检测方面，能最大限度保留原始序列的保真度，可作为未知/罕见病原体发现的有力工具。
机会性真菌感染的急剧增加也对快速、准确的临床诊断方法提出更高需求。迪谱诊断基于纳米孔单分子测序技术已开发迪谱纳®病原宏基因组测序、迪谱孔®病原多重靶向测序、迪谱孔®16s rdna全长测序等多项本地化ag凯发k8国际的解决方案，快速、准确、高效地鉴别感染病原体的同时，也为临床精准选择药物提供参考依据。
真菌喜欢缠上哪些人？
1
血液病或恶性肿瘤化疗后白细胞低下的患者；
2
患有类风湿性关节炎、糖尿病或多种疾病导致免疫功能低下的人；
3
曾经长期使用广效抗生素的人；
4
陈旧性肺结核或其他原因导致肺部结构改变、肺功能低下的人；
5
各种原因暴露在富含真菌孢子环境下（腐烂植物、通风不良、空气潮湿、建筑物拆建工地等），且不戴口罩进行防护的人。
