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连发两篇sci论文!重庆精准研究院生信分析团队助力肿瘤与感染学科发展
发布:2022/04/11
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来源:超级管理员

重庆精准医疗产业技术研究院有限公司成立于2016年,是迪安诊断集团在西部设立的研发高地,拥有专业的研发平台和人才培养基地。研究院聚焦大健康数字网络服务、精准诊断、生物医学、科技教育等领域,推进产业技术创新和产业化,充分发挥创新资源集聚优势与科技创新引领作用,带动上下游产业聚集发展,形成大健康生物医药产业生态集群。近期,又获得两项重大科研成果。

论文成果 1

发表期刊 国际期刊《bioengineered》(if=3.269)


论文标题   《16s rdna sequencing analyzes differences in intestinal flora of human immunodeficiency virus (hiv) patients and association with immune activation》


中文译题  《通过16s rdna测序分析人类免疫缺陷病毒(hiv)感染者肠道菌群的差异及其与免疫激活的关系》


本研究由重庆精准研究院、重庆迪安、重庆九龙坡区人民医院、树兰(杭州)医院以及浙江大学医学院附属第一医院合作完成。重庆精准研究院和重庆迪安负责了16s测序以及分析工作,中国工程院李兰娟院士为本次论文的通讯作者。

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发布于bioengineered杂志的论文

研究背景

获得性免疫缺陷综合症(即艾滋病)是由人类免疫缺陷病毒(hiv)引起的可使免疫机能丧失的疾病。hiv已经成为严重威胁中国人民健康的公共卫生问题,阻碍了国家经济发展和社会稳定。


hiv通过攻击辅助t淋巴细胞和cd4细胞造成机体免疫功能低下,可能引起患者出现腹泻、恶心、呕吐腹痛等胃肠道症状。肠道微生态平衡是肠道免疫屏障的重要保障,它的失衡是导致hiv发展的重要影响因素之一。


近来有研究发现,艾滋病的发生是由于hiv侵入人体后80%积聚在人体肠壁中,直接消耗了大量的cd4细胞。同时,hiv直接破坏肠上皮内膜的完整性,使肠腔中的微生物更易侵入固有层。


肠道微生物的转移导致炎症因子il-10、il-22、il-6及细菌代谢物lps进入血液循环,激活下游免疫反应并引起局部和全身炎症反应,从而持续消耗cd4细胞引起细菌和其他疾病的机会性感染。


然而,对于肠道菌群、cd4 t细胞和hiv感染者炎症因子之间关系的研究较少,缺乏临床参考依据。因此,本次研究通过16s rdna测序技术分析hiv感染者与正常人群肠道微生物差异,以期为hiv感染者寻找到有效的辅助治疗方法。


研究结果

研究团队通过16s rdna测序方法,比较了hiv感染者和健康个体肠道菌群cd4 t细胞的差异,用elisa检测il-2、il-8和 tnf-α的表达,同时对各组不同细菌种群进行了相关性分析。结果表明,hiv感染者肠道菌群的α多样性指数明显低于健康组。

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hiv感染者与健康人群中肠道菌群种属差异分析

通过本研究分析获得了hiv感染者以及健康个体的肠道优势菌群,并对优势菌群的丰度与炎症相关因子表达量进行相关性分析,发现fusobacterium_mortiferum、fusobacterium和gammaproteobacteria与tnf-α呈正相关;ruminococcaceae和bacteroidales与tnf-α呈负相关;agathobacter与il-2和il-8的含量呈正相关;prevotellaceae和prevotella与il-8含量呈负相关。


应用前景

该研究确定了hiv感染者和健康个体之间差异表达的菌群,从肠道微生物角度为艾滋病的治疗提供了新的参考。


在未来的研究中,可以设想通过补充特定的益生菌来调节hiv感染者(尤其是对抗逆转录病毒治疗无反应的患者)肠道微生物群的平衡,以促进患者修复t细胞th22、促炎细胞th17和免疫调节细胞tregs的生长,使其肠黏膜的完整性得到修复、肠道免疫功能得到恢复;从而也可防止肠道微生物的转移,增加cd4细胞的数量及增强其免疫功能。


同时,该针对艾滋病患者的补充疗法或可延缓艾滋病的发作和治愈艾滋病。


论文成果 2

发表期刊  国际期刊《journal of oncology》(if=4.375)


论文标题 《system analysis of adaptor-related protein complex 1 subunit mu 2 (ap1m2) on malignant tumors: a pan-cancer analysis》


中文译题  《适配器相关蛋白复合物1亚基mu 2(ap1m2)对恶性肿瘤的系统分析:一种泛癌分析》


本次研究由重庆精准研究院、重庆迪安、杭州迪安合作完成。

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发布于journal of oncology杂志的论文

研究背景

随着人口老龄化不断增长,中国的癌症费用负担不断增加。自2019年底新型冠状病毒大流行以来,几项研究表明,covid-19高风险人群包括全身免疫抑制的癌症患者。因此探索可用于早期肿瘤筛查的新肿瘤标志基因,对于改善人们的健康有着重要意义。


研究结果

ap1m2属于粘附蛋白相关适配器蛋白复合物1,其在抗高尔基体网络(tgn)中起作用,并在内皮中进行蛋白质分选。本研究使用基因型-组织表达(gtex),癌细胞系百科全书(ccle)和癌症基因组图谱(tcga)数据库比较了多个肿瘤的差异表达基因图谱。ap1m2在多种癌症中大量表达,其表达水平与肿瘤患者的结局呈正相关。


通过对ap1m2对肿瘤患者临床预后和免疫浸润作用的研究,发现ap1m2在乳腺浸润性癌症中的表达与患者巨噬细胞、树突状细胞、t细胞(cd4 和cd8 )和b细胞的总生存率和浸润水平高度相关。


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ap1m2表达量与不同肿瘤中甲基转移酶的相关性分析

此外,ap1m2表达与乳腺浸润性癌的肿瘤免疫新抗原和微卫星不稳定呈正相关。gsea分析了ap1m2对肿瘤的影响,结果表明,大多数肿瘤中的ap1m2表达水平影响了肿瘤相关通路和免疫相关通路的激活。


该研究基于大量数据分析来充分证明ap1m2作为早期肿瘤筛查的新肿瘤标志基因的可适用性,结果表明ap1m2可作为brca的预后预测因子或治疗靶点,用于临床环境中的免疫治疗,以改善患者的预后和生存率。


重庆精准医疗产业技术研究院是国家级博士后科研工作站、重庆市新型高端研发机构、重庆市海智工作站,定位于精准医疗领域的新技术研发和产业转化,聚焦于国际、国内高水平创新技术,与海外高层次创业人才和项目的引进以及国内优秀创新项目的孵化;研究院已完成搭建基础医学科研全平台(分子、动物、细胞、免疫、测序以及生信分析平台);依托国家级博士后工作站、中国科协海智工作站、重庆高端新型研发机构、国家基因测序示范中心等平台优势,积极开展科研转化应用开发,如pocr等温核酸检测、荧光免疫层析、病理抗体产品开发、注册与生产等,研究院已经成为中国西部地区基础与临床科研合作最大平台之一,正在努力打造成为完善的创新型技术转化平台。


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