近日，主题为“聚焦创新研究，引领原创未来”的第24届全国临床肿瘤学大会暨2021年csco学术年会以线上会议形式召开。本次大会上浙江大学医学院附属邵逸夫医院普外科钱浩然教授作了题为“ngs检测在gist基因检测的应用研究”优秀论文专题汇报，分享了基于胃肠道间质瘤基因检测数据的分析与研究。会后我们特别邀请到钱浩然教授，就胃肠道间质瘤的诊疗展开分享。
问题1：胃肠道间质瘤的基因检测目前有何意义？
胃肠道间质瘤（gastrointestinal stromal tumors，gist）是胃肠道最常见的间叶组织来源肿瘤， 起源于cajal间质细胞，占全部胃肠道恶性肿瘤的1%-3%。胃肠间质瘤的发生，靶向治疗，耐药机制都与基因突变有密切的关系。基因突变的结果影响胃肠间质瘤诊断、治疗、预后判断、随访计划制定等。目前nccn、esmo和csco指南都一致推荐对胃肠道间质瘤患者进行基因检测。
问题2：目前您对胃肠道间质瘤的各种类型检测方法有什么看法？ngs方法学用于gist检测相比较有什么不同之处？
首先，目前对于胃肠间质瘤的基因检测方法有sanger，ngs和ddpcr, 他们有着各自的优缺点。sanger法已经是比较成熟的一种检测方法，试剂成本中等且操作简单，但是它只能聚焦在已知位点的突变情况，对于低频突变检测能力不足，并且多个基因或者多个外显子检测时样本量要求较高。而ddpcr的方法可以针对已知位点检测，从而实现绝对定量，且敏感性和特异性更高。但是这种方法检测通量较小，只能检测设计好的已知位点，检测开发成本较高，更适合用于特定位点检测。
相比之下，ngs法可同时检测已知和未知基因突变，可进行深度测序，灵敏度高，检测使用的样本量少且可以同时检测多个基因。
我们在早期的时候，对胃肠间质瘤患者的基因检测主要采用sanger法，但也暴露出一些问题，比如晚期gist耐药后继发性突变检测阳性结果偏低；穿刺标本，术前治疗标本的野生型病理偏高。2019年，我们开始使用ngs测序，它可以利用较少的标本，一次检测获得更全面的基因突变信息，对继发性耐药突变的检测和穿刺活检标本的检测具有检出优势。
问题3:目前您在浙江大学医学院附属邵逸夫医院开展的gist基因检测工作主要是围绕哪些方面？
目前在邵逸夫医院开展的gist基因检测工作主要是想要通过基因检测的方法去探索临床问题，包括了研究gist基因突变特征，原发灶基因突变与临床病理关系以及原发灶与复发灶基因突变特征对比。我们跟迪安诊断联合开发的胃肠道间质瘤基因检测panel，涵盖了相关9个基因的158个cds区域及剪接位点（kit，pdgfra, braf, kras, nf1, sdha, sdhb, sdhc, sdhd）。通过一定数量原发性和复发转移性胃肠间质瘤检测结果综合分析，达到了传统ngs综合检测panel的水准。并且具有一定的价格优势，可以用于gist分子分型（kit/pdgfra突变型、wt型）和用药指导。
问题4: 您对未来的看法是什么？
在未来对于胃肠道基因检测panel的优化，数据的累积分析以及ddpcr检测液态活检技术的开发是我们团队今后努力的方向。未来也希望跟迪安进一步加深合作，推动精准医疗的高质量落地和稳步发展。